Родился в первой половине XV в. в благочестивой семье Гонзовых. Иноческую жизнь начал в Валаамской обители под руководством св. преподобного Савватия Соловецкого (( 1435; память 27 сентября по старому стилю). В феврале 1477 г. святой был назначен архимандритом Чудова монастыря, а 12 декабря 1484 г. был рукоположен в сан архиепископа Новгородского.
Святитель ревностно боролся за чистоту Православия и приложил много стараний для просвещения своей паствы. Он устроил школу для подготовки священников, составил пасхалию на первые 70 лет восьмого тысячелетия, к 1499 г. собрал все книги Священного Писания в одну единую «Геннадиевскую Библию». Ему принадлежит уставное указание о литургическом почитании Российских угодников. С 1504 г. святитель Геннадий находился на покое в Чудовом монастыре и 4 декабря 1505 г. мирно отошел ко Господу.